Di dalam tanah, banyak terdapat mikroba dekomposer yang berperan dalam penguraian selulose secara alami, baik dari jenis jamur (fungi), actinomycetes, dan bakteri, baik aerob maupun anaerob. Beberapa jenis fungi yang termasuk dalam mikroba selulolitik antara lain Trichoderma sp., Penicillium sp., Aspergillus sp., Myrothecium sp., dan Alternaria sp. Sedangkan dari kelompok actinomycetes antara lain, Micromonospora, Streptomyces, Thermoacinomycetes, Thermopolyspora, dan Thermonospora. Jenis bakteri aerob yang berperan dalam penguraian selulose tanaman antara lain Bacillus sp., Cyptopharga sp., Pseudomonas sp., dan Sporocyptopharga sp. Sedangkan bakteri dekomposer dalam kelompok anaerob seperti Clostridium sp. dan Ruminococcus sp.
Dalam perombakan bahan-bahan organik, selulose yang tidak berlignin, seperti jaringan tanaman akuatik tidak berkayu, limbah pabrik kerta, atau serat kapas akan lebih cepat diurai oleh mikroba dekomposer, dibanding dengan tanaman berlignin, terutama tanaman berkayu. Hal ini disebabkan pada tanaman berkayu, selulose dan lignin akan membentuk lignose-lulose, yang tahan terhadap aktivitas mikroba. Oleh karena itu, untuk pengomposan bahan-bahan dari jaringan tanaman berkayu diperlukan peran mikroba penghasil enzim pengurai lignin, seperti Paecilomyces sp., Allezcheria sp., Chaetomium sp., Poria sp., Nocardia sp., Streptomyces sp., Pseudomonas sp., dan Flarocacterium sp.
Di pasaran, telah banyak dijual pupuk mikroba dekomposer, yang dapat digunakan untuk mempercepat proses pengomposan, seperti EM-4, Starbio Plant, Harmoni BS, Temban, Orgadec, dan masih banyak lagi.